Bycie królem to zdecydowanie nie jest zajęcie dla każdego – zwłaszcza dla ogra, którego zapach przypomina smród oparów unoszących się nad najdalszymi ostępami bagniska. Ostatnią rzeczą, jakiej pragnął Shrek poślubiając Fionę, było panowanie nad królestwem Zasiedmiogórogrodu. Kiedy jednak jego teść, król Harold zaczął chorować, to właśnie Shrek został kandydatem do korony. Teraz, jeśli niechętny nowym obowiązkom kandydat na króla nie znajdzie godnego zastępcy, do końca życia będzie wkręcony w królowanie.
Jak gdyby Shrek nie miał wystarczająco na głowie, to jeszcze księżniczka Fiona ma dla niego maleńką niespodziankę. Oszołomiony obowiązkami wynikającymi z panowania nad Zasiedmiogórogrodem i zbliżającym się ojcostwem, Shrek rozpoczyna poszukiwania jedynego dziedzica do królewskiego tronu - od dawna zaginionego kuzyna Fiony, zbuntowanego Artiego. Gdy ogr wyrusza w drogę, jego nemezis Książę z Bajki podnosi do góry swoją przystojną głowę i wraca do królestwa, aby przejąć nad nim panowanie. Mając u boku Osła, zawsze uprzedzająco grzecznego Kota w Butach, a także Fionę i jej koleżanki księżniczki, Shrek i Artie muszą uratować królestwo, aby wszyscy mogli w końcu „żyć długo i szczęśliwie”.